С момента открытия Суда в 1959 году государства-члены Совета Европы приняли ряд протоколов к Европейской конвенции о правах человека в целях совершенствования и укрепления своего надзорного механизма. В 1998 году Протокол № 11, таким образом, заменил первоначальную двухуровневую структуру, включающую Суд и Комиссию по правам человека, заседающих несколько дней в месяц единым штатным судом. Это изменение положило конец функционированию Комиссии по фильтрации, что позволило заявителям представить свои дела непосредственно в Суд.
Вторая крупная реформа, направленная на значительное увеличение числа заявок и отставание Суда, была вызвана вступлением в силу Протокола № 14 в 2010 году. Настоящий Протокол ввел новые судебные формирования для простейших случаев и установил новый критерий приемлемости (наличие «существенного недостатка» для заявителя); он также продлевал срок полномочий судей до 9 лет (не возобновляемый).
С 2010 года были созваны четыре конференции высокого уровня по вопросу о будущем Суда для определения средств, гарантирующих долгосрочную эффективность системы Конвенции. Эти конференции, в частности, привели к принятию Протоколов 15 и 16 к Конвенции.
В Протоколе № 15, принятом в 2013 году, содержится ссылка на принцип субсидиарности и доктрина об отмене усмотрения в преамбуле Конвенции; он также сокращает с 6 до 4 месяцев время, в течение которого заявление должно быть подано в Суд после окончательного национального решения. В 2013 году также был принят Протокол № 16, который позволит высшим национальным судам и трибуналам обратиться к Суду с просьбой дать консультативные заключения по принципиальным вопросам, касающимся толкования или применения прав и свобод, определенных в Конвенции или протоколов к ним. Протокол № 16 является необязательным.